Las rutas para poder acceder a cada carpeta se manejan en el archivo rutas_directorios.conf en la raíz del directorio de htdocs.
El archivo está dividido por cada renglón y puerto, pongo como ejemplo la url de App Daite (Sin SSL)
<VirtualHost *:80>
# Nombre del servidor * Ruta al poner en la WEB *
ServerName www.app.daite.com.do
# Directorio raíz * Ruta completa del documento. *
DocumentRoot "C:/xampp/htdocs/aplicaciones/empresa/sistemas/daite"
</VirtualHost>
Para añadir una ruta/modificar la actual vas a el renglón que desees y la agregas.
El primer parametro es el alias, que no servirá para que acortar la ruta de nuestra página.
El segundo es la ruta completa a la que se referirá el alias.
rutas_directorios.conf si es necesario.